Первые упоминания о создании в Новороссийске футбольный команды относятся к далёкому 1907 году. 30 сентября новороссийская «Олимпия» провела товарищеский матч с моряками английского торгового судна.
В первенстве СССР в классе «Б» и второй лиге Новороссийск был представлен в 1960—1970 и 1978—1991 годах («Цемент» и в 1970 году «Труд»).
Своих наивысших достижений «Черноморец» добился уже в 1990-е. В 1994 году новороссийский клуб стал победителем Первой лиги. Вплоть до 2001 года «Черноморец» выступал в Высшем дивизионе, дважды занимая шестое место, которое по итогам сезона 2000 года позволило команде пробиться в Кубок УЕФА. Но уже в первом раунде соперником «моряков» стала «Валенсия» - финалист двух предыдущих розыгрышей Лиги Чемпионов. В Новороссийске матч завершился минимальной победой «летучих мышей». В ответной игре на «Месталье» «Валенсия» забила пять безответных мячей и выбила «Черноморец» из турнира, а уже в конце 2001 года новороссийцы покинули Высшую лигу. Вернуться в элиту удалось всего за сезон, но закрепиться не получилось. При этом в 2003 году «моряки» стали финалистами единственного в истории розыгрыша Кубка Премьер-лиги, уступив в решающем матче по сумме двух встреч «Зениту». К слову, возглавлял «Черноморец» в том сезоне Сергей Александрович Павлов.

А уже в 2005 году новороссийцы были лишены профессионального статуса. Всего за сезон после этого «Черноморец» вышел во Второй дивизион, а в 2008 году вновь получил право сыграть в Первой лиге. Четыре года клуб барражировал между первым и вторым дивизионом. По результатам сезона 11/12 «Черноморец» вылетел из ФНЛ. Вернуться получилось лишь спустя 11 лет
Нынешний сезон «моряки» начали с восьмиматчевой беспроигрышной серии. Правда за этот отрезок была одержана всего одна победа. После поражения в 19 туре от «Родины», новороссийский клуб покинул Константин Зырянов. Новым главным тренером «Черноморца» стал Вадим Гаранин, известный по работе в «Енисее» и «Сочи».
_1715324319.jpg)
В нынешнем сезоне новороссийский клуб входит в пятёрку лучших в лиге по точности длинных передач, а также занимает второе место по количеству успешных обводок, выполненных игроками команды. Полузащитник «Черноморца» Олег Ланин занимает третье место по количеству успешных отборов мяча. Голкипер команды Даниил Фролкин является третьим в лиге по количеству совершённых сейвов. В активе Фролкина четыре отражённых пенальти, а также 10 матчей «на ноль».