Нынешняя «Кубань» ведёт свою историю с сезона 2018/19, когда в группу 1 ПФЛ была заявлена команда под названием «Урожай».
В дебютном турнире перед краснодарским клубом стояла задача выхода в Первую лигу, однако в упорной борьбе с «Чайкой» из Песчанокопского «Урожай» стал вторым, отстав от победителя всего на три очка. За весь сезон краснодарцы потерпел лишь одно поражение, уступив в 26 туре на выезде ставропольскому «Динамо».
Сезоном позже краснодарская команда, пережила серьезную встряску и смену состава. Первая победа была одержана лишь в девятом туре. По результатам первенства, прерванного после 19 туров, «Урожай» занял одиннадцатое место.
В июле 2020 года «Урожай» переименовывают в «Кубань». Перед командой ставится задача выхода в Первую лигу, которую клуб выполняет, одержав 26 побед в 32 матчах Первенства ПФЛ. При этом на первое место в группе «Кубань» вышла лишь за два тура до окончания первенства.
Дебют в Первой лиге для краснодарской команды можно назвать более чем успешным: 12 место и одиннадцатиматчевая беспроигрышная серия на финише сезона.
Прошлый сезон для «Кубани» вышел куда более напряжённым. До последнего тура краснодарцы боролись за выживание и, благодаря победе в заключительном матче над «Уфой», краснодарцы сохранили место в Первой лиге. Огромный вклад в выполнение задачи внёс Нури Абдоков, во второй половине сезона выдавший шестиматчевую голевую серию.
Нынешний турнир «жёлто-зелёные» начали с трёх поражений подряд. Первую победу команда, которую на тот момент возглавлял Александр Григорян, одержала именно над «Волгарём». В сентябре Григоряна на посту главного тренера сменил Вадим Евсеев. Но и Вадим Валентинович не сумел вывести краснодарцев из зоны вылета.
С 27 тура «Кубань» возглавил Роберт Евдокимов. Под руководством Роберта Геннадьевича краснодарский клуб добился лишь одной ничьей в восьми матчах и за три матча до окончания турнира потерял шансы на сохранение места в Первой лиге.
Голкипер «Кубани» Юрий Нестеренко входит в пятёрку лучших вратарей лиги по количеству отражённых ударов, а также по точности передач рукой.
